El Segundo Triunvirato y el primer Directorio tuvieron una actitud más decidida en la defensa militar del joven estado y en la pretensión de reconstruir el Virreinato, y enviaron poderosos refuerzos tanto al Ejército del Norte como a las tropas estacionadas en la Banda Oriental. Tanto el período del Segundo Triunvirato, como de los dos primeros Directores Supremos estuvieron signados por la actuación de la Logia Lautaro, que dirigió su política interna, internacional y militar. La disposición más importante del Triunvirato fue la convocatoria a la Asamblea General Constituyente de 1813. También envió una misión a las provincias del Interior, que cambió las autoridades de las ciudades y provincias, reemplazando a los funcionarios adictos al gobierno anterior Fordeler o a facciones autonomistas locales por otros, adictos a la Logia Lautaro. El Triunvirato asumió la totalidad del gobierno sin consultar en absoluto a las ciudades del interior; disolvió las Juntas de gobierno provinciales y nombró sus gobernadores de entre su círculo político, organizando un estado unitario y centralista. No obstante, tras conquistar las ciudades altoperuanas, un ejército realista invadió el Norte de la actual Argentina; el Triunvirato ordenó al general Belgrano, jefe del Ejército del Norte, retirarse hasta Córdoba. Al tener noticias de la defección del comandante del Ejército del Norte, Saavedra partió hacia Jujuy, para hacerse cargo del mismo.

El 5 de abril de 1811, una manifestación de las clases medias y bajas de Buenos Aires forzó a la Junta a expulsar a los diputados morenistas, y elevó a Joaquín Campana al cargo de secretario que había ocupado Moreno. Por un tiempo, la defensa de la Banda Oriental quedó a cargo de las partidas irregulares comandadas por Artigas; la pretensión del gobierno porteño de obligarlo a someterse a su autoridad creó los primeros roces entre los orientales y porteños. La Asamblea debió afrontar divisiones internas respecto a la nueva situación: una posición encabezada por Alvear sostenía la necesidad de negociar con Fernando VII; proponía postergar la declaración de la Independencia y la definición de la forma de gobierno y apoyaban el centralismo. En 1811, ese país colaboraría con la guerra de independencia rioplatense con una División Auxiliadora, gesto que dos años más tarde sería retribuido con el envío del Batallón de Auxiliares Argentinos a Chile. Gaspar Rodríguez de Francia de separar al Paraguay de la obediencia de Buenos Aires y la insistencia de los gobiernos porteños en someter a las provincias a una dependencia absoluta del gobierno central impusieron al Paraguay una política aislacionista que lo mantuvo al margen de la guerra por la independencia.

Reunidos en la llamada Sociedad Patriótica, difundieron proclamas contrarias al gobierno y prepararon la elección de nuevos diputados porteños, para contrarrestar la preeminencia provinciana. Poco después estalló el Motín de las Trenzas, sangrientamente reprimido, que decidió al gobierno a disolver la Junta y expulsar a los diputados provinciales de la cocurrir durante las siestas diurnas. San Martín lideraba la otra posición, proponía declarar la Independencia, reorganizar el ejército y combatir a los españoles; era también centralista, pero estaba dispuesto a negociar con los caudillos locales de las provincias. En el mes de julio se descubrió una conspiración para una reacción españolista, que fue reprimida con la prisión de centenares de personas y el fusilamiento de más de treinta personas tras un juicio sumario e irregular, entre ellos Martín de Álzaga, héroe de las Invasiones Inglesas, con quien el secretario Rivadavia tenía agravios personales. El Ejército del Norte no pudo aprovechar la inestimable oportunidad debido a que tardó demasiado en enterarse de lo que pasaba, y a su propia incapacidad operativa.